Hlavní náplní vědecké činnosti ústavu je studium histologických, histochemických a ultrastrukturálních změn vyvolaných v orgánech dýchacího systému různými experimentálními zásahy nebo patologickými stavy. Při spolupráci s ostatními pracovišti 2.LF UK, dalších fakult UK, mimopražských lékařských fakult nebo České akademie věd se pracovníci ústavu věnují i histologii řady dalších orgánů a tkání (viz Publikace).